Narodowe Centrum Badań i Rozwoju, ERA-NET CO-FUND ICRAD „Charakterystyka specyficznej dla wirusa i  gospodarza zdolności modulacji IFN typu I w  szczepach wirulentnych i atenuowanych  wirusa afrykańskiego pomoru świń” 30.03.2021 – 29.03.2024     

Kierownik projektu: dr Marek Walczak

Środki finansowe: 567 732,00 zł 

Opis projektu: Genom wirusa afrykańskiego pomoru świń (ASFV) zawiera wiele genów odpowiedzialnych za unikanie odpowiedzi immunologicznej gospodarza, w tym m.in. geny hamujące wydzielanie interferonów – cytokin o działaniu przeciwwirusowym. Celem projektu jest zidentyfikowanie genów odpowiedzialnych za hamowanie wydzielania interferonu typu I, a następnie wprowadzenie mutacji nakierowanej na zidentyfikowane geny. W projekcie równolegle zostaną zastosowane badania in vitro i badania in vivo. Państwowy Instytut Weterynaryjny – Państwowy Instytut Badawczy podejmie współpracę w konsorcjum złożonym jednostek naukowych: • Centrum Biologii Molekularnej „Severo Ochoa” (Hiszpania) • Uniwersytet Ludwiga Maksymiliana w Monachium (Niemcy) • Szwedzki Narodowy Instytut Weterynaryjny (Szwecja). Przewagą projektu jest zastosowanie innowacyjnej techniki single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) umożliwiającej śledzenie mechanizmów regulacji wydzielania interferonu w pojedynczych komórkach, identyfikację subpopulacji komórek, w których w/w regulacja zachodzi oraz identyfikację genów ulegających ekspresji w procesie hamowania wydzielania interferonu. W dalszym etapie projektu w wirulentnych szczepach ASFV zidentyfikowane geny zostaną poddane mutacji z użyciem techniki CRISPR/Cas9/. Rolą PIWet-PIB w projekcie jest pokierowanie badaniami klinicznymi w II etapach: I etap – kliniczne porównanie szczepu wirulentnego (Arm07) i szczepu naturalnie atenuowanego (NH/P68). Izolacja jednojądrzastych komórek krwi obwodowej (PBMC) jako materiału do scRNA-seq. Porównanie siewstwa wirusa w płynie ustnym. II etap – kliniczne porównanie 3 wariantów szczepów mutowanych przy pomocy CRISPR/Cas9, izolacja PBMC stanowiących materiał do porównania wpływu zastosowanych mutacji na wydzielanie interferonu typu I w organizmie gospodarza. Zbadanie siewstwa wirusa.